Η οικονομική στήριξη της ενταξιακής πορείας της Κύπρου από την Ε.Ε. περιορίστηκε στην αξιοποίηση ορισμένων χορηγιών από το Τέταρτο Χρηματοδοτικό Πρωτόκολλο. Όσον αφοούσε τις υποψήφιες για ένταξη χώρες της Κεντρικής και Ανατολικής Ευρώπης, η Ε.Ε. τους προσέφερε τεράστια οικονομική βοήθεια μέσω κυρίως τριών προγραμμάτων, του PHARE, του ISPA και του SAPARD.

Το πρόγραμμα PHARE, το οποίο προσέφερε τη μεγαλύτερη οικονομική βοήθεια μεταξύ των τριών προγραμμάτων, στόχευε στην ενίσχυση της διοίκησης και των θεσμών, καθώς και στην ενίσχυση των επενδύσεων στις επιχειρήσεις και στις υποδομές (συγχρηματοδότηση μεγάλων επενδυτικών σχεδίων). Στόχος του προγράμματος ISPA ήταν η χρηματοδότηση μεγάλων έργων υποδομής στους τομείς του περιβάλλοντος και των μεταφορών. Το πρόγραμμα SAPARD είχε ως στόχο την ενίσχυση των δομών στον τομέα της γεωργίας και την προώθηση της αγροτικής ανάπτυξης.

Πρώτη η Βουλή αντέδρασε στη μη συμπερίληψη της Κύπρου στα πιο πάνω προγράμματα, θέτοντας κατ’ επανάληψη το θέμα στα πλαίσια των συνόδων της Μικτής Κοινοβουλευτικής Επιτροπής Ε.Ε. - Κύπρου. Παρά τις προσπάθειες που καταβλήθηκαν προς το σκοπό αυτό, δεν κατέστη δυνατή η συμμετοχή της Κύπρου στα πιο πάνω προγράμματα. Σύμφωνα με τις θέσεις των αρμοδίων οργάνων της Ε.Ε., η Κύπρος και η Μάλτα δεν μπορούσαν να συμμετάσχουν στο πρόγραμμα PHARE διότι το πρόγραμμα αυτό δημιουργήθηκε ειδικά για τις ανάγκες των υποψηφίων χωρών της Κεντρικής και Ανατολικής Ευρώπης λόγω των ειδικών προβλημάτων τους. Όσον αφορά τα προγράμματα ISPA και SAPARD, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή προσπάθησε να δικαιολογήσει τη μη συμπερίληψη της Κύπρου σ’ αυτά, υποστηρίζοντας ότι το επίπεδο οικονομικής ανάπτυξης της Κύπρου σε σχέση με τις άλλες υποψήφιες χώρες δεν δικαιολογούσε την παροχή χορηγιών στους τομείς που χρηματοδοτούνται από τα εν λόγω προγράμματα.

Μια μικρή οικονομική βοήθεια παρασχέθηκε για την ενταξιακή πορεία της Κύπρου μέσα από το Τέταρτο Χρηματοδοτικό Πρωτόκολλο. Σκοπός του Πρωτοκόλλου αυτού, που είχε σαφή προενταξιακό χαρακτήρα, ήταν η χρηματοδότηση σχεδίων και δράσεων που στόχο είχαν να συμβάλουν στην οικονομική και κοινωνική ανάπτυξη της Κύπρου, να διευκολύνουν τη μετάβαση της κυπριακής οικονομίας προς τη κατεύθυνση της προσχώρησης της Κύπρου στην Ε.Ε., καθώς και να παράσχουν στήριξη στις προσπάθειες για την προώθηση της συνολικής διευθέτησης του κυπριακού ζητήματος.

Ο αποκλεισμός της Κύπρου και της Μάλτας από τα πιο πάνω χρηματοδοτικά προγράμματα οδήγησε την Ε.Ε. στην υιοθέτηση ξεχωριστού χρηματοδοτικού κανονισμού για τις χώρες αυτές.

Συγκεκριμένα, τον Μάρτιο του 2000, το Συμβούλιο Υπουργών υιοθέτησε τον «Κανονισμό για την εφαρμογή της Προενταξιακής Στρατηγικής της Κύπρου και της Μάλτας» (Κανονισμός 555/2000). Αυτός ο χρηματοδοτικός κανονισμός κάλυπτε την περίοδο 2000 - 2004 και, όσον αφορά την Κύπρο, προέβλεπε το ποσό των €57 εκατομμύρια (περίπου £34 εκατομμύρια).

Ο εν λόγω κανονισμός αποτέλεσε τη νομική βάση για ένα νέο ενταξιακό συνεταιρισμό (accession partnership) και είχε ως στόχο την παροχή προενταξιακής βοήθειας (χορηγίες) στην Κύπρο και στη Μάλτα για την αναγκαία προετοιμασία τους σε σχέση με την υιοθέτηση και εφαρμογή του ευρωπαϊκού κεκτημένου.

Όσον αφορά την Κύπρο, τα έργα που θα χρηματοδοτούνταν από τον χρηματοδοτικό κανονισμό έπρεπε να υπόκεινται στις πρόνοιες του ενταξιακού συνεταιρισμού της, καθώς και του Εθνικού Προγράμματος για την Υιοθέτηση του Κεκτημένου (National Programme for the Adoption of the Acquis). Μια ειδική πρόνοια είχε επίσης περιληφθεί για τη χρηματοδότηση δικοινοτικών έργων τα οποία  προωθούσαν την ανάπτυξη στενότερων σχέσεων μεταξύ των Ελληνοκυπρίων και των Τουρκοκυπρίων.

Δικοινοτικά έργα που είχαν εγκριθεί για το 2000 και το 2001 περιλάμβαναν την αναζωογόνηση της παλιάς πόλης της Λευκωσίας και στις δύο πλευρές της γραμμής κατάπαυσης του πυρός, τη διεύρυνση των σχέσεων μεταξύ των Συντεχνιών στην Κύπρο και μια επικοινωνιακή πολιτική για την ενημέρωση του κοινού σε θέματα Ευρωπαϊκής Ένωσης.