Το 1972 υπογράφηκε η Συμφωνία Σύνδεσης μεταξύ Κύπρου και Ε.Ε., η οποία τέθηκε σε ισχύ τον Ιούνιο του 1973. Η συμφωνία προνοούσε για την εγκαθίδρυση της τελωνειακής ένωσης σε δύο στάδια και περιείχε πρόνοιες για εμπορική, οικονομική και τεχνική συνεργασία από την εφαρμογή των οποίων προέκυπταν οφέλη για όλους τους πολίτες της Δημοκρατίας. 

Το πρώτο στάδιο της Συμφωνίας Σύνδεσης προνοούσε για τη μείωση των δασμών στα βιομηχανικά και γεωργικά προϊόντα. Το στάδιο αυτό έπρεπε να ολοκληρωθεί τον Ιούνιο του 1977, αλλά, λόγω της τουρκικής εισβολής και κατοχής του βόρειου τμήματος της Κύπρου, παρατάθηκε μέχρι το τέλος του 1987.

Το 1987 υπογράφηκε πρωτόκολλο που ρύθμιζε τη μετάβαση στο δεύτερο στάδιο της Συμφωνίας Σύνδεσης, δηλαδή την ολοκλήρωση της τελωνειακής ένωσης σε δυο φάσεις. Το πρωτόκολλο τέθηκε σε ισχύ την 1η Ιανουαρίου 1988. 

Η πρώτη φάση της τελωνειακής ένωσης (1988 - 1997) προνοούσε για τη λήψη των ακολούθων μέτρων από πλευράς της Κύπρου:

1. Tη μείωση των τελωνειακών δασμών και των ποσοτικών περιορισμών στα βιομηχανικά προϊόντα (εκτός των προϊόντων πετρελαίου και 15 κατηγοριών ευαίσθητων προϊόντων) και σε 43 γεωργικά προϊόντα που καλύπτονται από τη συμφωνία,
2. Tην υιοθέτηση του Κοινού Τελωνειακού Δασμολογίου της Ε.Ε., και 
3. Tην εναρμόνιση στους τομείς του ανταγωνισμού, των κρατικών βοηθειών και της προσέγγισης της νομοθεσίας.

Η δεύτερη φάση, η οποία θα άρχιζε το 1998 και θα ολοκληρωνόταν το 2002 ή 2003 (σύμφωνα με την απόφαση που θα λάμβανε το Συμβούλιο Σύνδεσης Ε.Ε. - Κύπρου), προνοούσε την ελεύθερη και χωρίς περιορισμούς διακίνηση βιομηχανικών και γεωργικών προϊόντων και την υιοθέτηση της πολιτικής που απαιτείται για τη συμπλήρωση της τελωνειακής ένωσης. Ύστερα όμως από την έναρξη των ενταξιακών διαπραγματεύσεων μεταξύ Ε.Ε. και Κύπρου το Μάρτιο του 1998, οι διαπραγματεύσεις για τη δεύτερη φάση της τελωνειακής ένωσης αναβλήθηκαν για πρακτικούς λόγους.